НДЕІ в різні роки очолювали В.І. Сігов (1962-1963), М.А. Лєтов (1963-1971), О.С. Ємельянов (1971-1987), В.Ф. Столяров (1990-1994), В.Ф. Бесєдін (1987-1990, 1994-1998), В.І. Науменко (1998-2003), В.М. Лич (2003-2004), В.А. Онищенко (2004-2007), О.І. Розенфельд (2007-2009), а з 2009 року Інститутом керує І.Г. Манцуров. В Інституті у ХХ ст. над розробкою найважливіших наукових і прикладних проблем управління економікою працювали видатні вчені: В.М. Бородюк, П.В. Волобой, О.М. Голованов, Г.О. Колесник, В.С. Найдьонов, В.П. Александрова, М.М. Середенко, І.А. Чепурнов, Л.В. Черкашин, Я.О. Шевченко, А. М.Шлепаков. Нині «золотий фонд» НДЕІ складають фахівці найвищого рівня, доктори економічних наук, професори І.К. Бондар, В.І. Пила, В.Ф. Беседін.
Стратегічною метою розвитку Інституту є набуття та неформальне закріплення за НДЕІ статусу провідної в Україні наукової установи з розроблення методології стратегічного планування збалансованого розвитку держави, інформаційно-аналітичного, методичного та організаційного забезпечення програм економічного і соціального розвитку на макро- та мезорівні, формування системи заходів економічної політики держави та механізму їх реалізації.
- кваліфікованої науково-методичної допомоги підприємствам, організаціям, іншим юридичним та фізичним особам з питань економіки, фінансів, зовнішньоекономічних зв'язків, прогнозування та розробки програм;
- розробки різних проектів, техніко-економічних обґрунтувань, проведення експертиз;
- проведення маркетингових досліджень;
- інформаційного забезпечення та консультування у сфері економічної та фінансової діяльності;
- підвищення кваліфікації управлінських та економічних кадрів.
